法的な規制の対象とはなっていませんが、ふん尿に起因する人への健康影響として、サルモネラ、病原性大腸菌O157、クリプトスポリジウムといった病原性微生物の危険性が懸念されています。特にクリプトスポリジウムは、通常の上水道の浄化処理では除去できません。畜産由来かどうかは明らかになっていませんが、実際に、これによる被害が起きています。クリプトスポリジウムを含む水を飲用すると、激しい下痢や腹痛を起こし、死亡することもあります。
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